Batthyány Lajos májusi felhívása után csatlakozik az alakuló magyar nemzetőrséghez, ahol százados, majd Batthyány miniszterelnök titkára lett. Részt vesz a felállítandó honvédsereg szervezésében. Augusztus 17-én őrnaggyá és a dunáninneni nemzetőrség parancsnokává nevezték ki, harcolt a győztes pákozdi csatában. Októberben, már alezredesként, a honvédsereg Ausztriába való betörésekor a jobbszárny hadműveleteit fedezte. Október 12-én ezredessé, 19-én a magyar fősereg jobbszárnyának parancsnokává nevezték ki. Október 25-én Windisch-Grätzhez küldték tárgyalni, de visszafelé jöttükben Ivánkát a hadijog megsértésével Jellasics elfogatta.