1571-ben meghalt János Zsigmond erdélyi fejedelem. A török szultán Báthory Istvánt, a Habsburg császár viszont Bekest kívánta fejedelemmé választatni. Báthory Istvánt választották fejedelemmé. Bekes trónkövetelőként lépett fel. Császári támogatással harcba szállt az új erdélyi fejedelemmel, de Kerelőszentpálon csatát vesztett és jogfosztottan menekülnie kellett. 1577-ben kibékült Báthoryval, majd jó barátok lettek. Bekest megtette a lengyel lovassági csapatok főparancsnokává. Részt vett a Rettegett Iván ellen folytatott diadalmas háborúban. 1567-ben házasodott össze Harinnay Annával, első feleségével. Második felesége Szárkándy Anna. Bekes Gáspár 1579.november 7-én Grodnoban halt meg.