A legutóbbi izgalmas kaland után Sonic végre pihenhet kicsit... Dehogy! Rough és Tumble párosa visszatér, hogy bosszút álljon Sonicon és barátain. De Sonic legnagyobb ellenfele is felbukkan, hogy az egyik szövetségese segítségével létrehozott fegyverrel átvegye az uralmat a világ fölött... egy vírussal, ami elől még Sonic sem tud elfutni