Miután a Sonic fürgeségével, Dr. Tojásfej intellektusával és egy törhetetlen robottesttel bíró Neó Metál Sonic meghódítja a szigetet, hogy még nagyobb hatalomra tegyen szert, Sonic és barátai kénytelenek lesznek összefogni, hogy felvehessék ellene a harcot. Vajon az Ellenállás teljes ereje elég támogatást jelent majd Sonicnak, hogy végleg legyőzze Neó Metál Sonicot?