A gonosz zsenit, Dr. Tojásfejet legyőzték, de Sonic munkája ezzel még nem ért véget. A legutóbbi eposzi csatát megúszó romboló robotok tovább tombolnak a birodalom kisvárosaiban. Hogy szép sorjában leküzdhesse őket, Sonicnak segítségére sietnek barátai: Tails, Knuckles, Amy és néhány új meglepetésvendég