A Spartan-II program nyilvánosságra került. A szuper-harcosok története, akik a Szövetség támadásainak ezreit hárították el, legendává vált. De mégis, a Spartanok hányan maradhattak? Mialatt a Főnök az ostrom alatt álló Földet védi, a Szövetség számtalan frakciója pedig folytatja az emberiség kiirtására indított hadjáratát, a Haditengerészeti Elhárítás egy szupertitkos csoportja, amelyet csak úgy neveznek, a „Hármas Részleg”, megalkot egy tervet, amellyel megszerezhetik a túléléshez szükséges időt az UNSC számára. Ehhez azonban önfeláldozó katonák százaira van szükségük… és egy Spartanra, aki sikeresen végrehajtja a küldetést. Az Ónix egy teljesen elhagyatott bolygó, amely tökéletes hely arra, hogy megvalósítsák a tervüket. Azonban, amikor a Főnök elpusztítja a Haló-gyűrűt, valamit beindít az Ónix mélyén: az ősi előfutár technológia életre kel, az UNSC és a Szövetség fajai pedig versenyfutásba kezdenek, hogy megkaparintsák, és segítségével megváltoztassák a háború menetét. Csakhogy talán ennek az ébredő, ősi erőnek is megvan a maga terve.