Legutóbbi csatájuk után Dr. Tojásfej rejtélyes módon eltűnt. Vajon milyen titkokra fog fény derülni, amikor Sonic megtudja, hová lett a doktor? Ráadásul nem Sonic az egyetlen, aki Tojásfejet keresi, mert feltűnik egyik régi riválisa, Shadow is. Megannyi fordulat vár ebben a pörgős, akciódús kalandban. De barátai - köztük egy új szövetségese - segítségével Sonic minden akadályt legyőz.